בכל הנוגע לאגדות אורבניות היסטוריות, מעטות מסקרנות יותר מגורלה של העיר האבודה אטלנטיס - תעלומה בת אלפי שנים שאף אחד לא יודע לאן היא נעלמה או אם הייתה בכלל קיימת. אטללנטיס היא אי אגדי המוזכר בכתבי הפילוסוף היווני אפלטון.- שסיפר על תרבות מפותחת שהתקיימה כ-9,000 שנה לפני זמנו (כלומר כ-11,600 שנה לפני זמננו), והייתה מתקדמת בהשוואה לכל תרבות אחרת בתקופתה - שנעלמה יום אחד מעל פני האדמה. עצם קיומו של האי הוא נושא לוויכוח בקרב היסטוריונים וארכיאולוגים, כשחלקם מאמינים שהוא דמיוני וחלקם טוענים שאטלנטיס מבוססת על מקום היסטורי אמיתי שנבלע בעקבות עליית גובה פני הים, או צונאמי.
אבל מעט מאוד אנשים יודעים על המקבילה היפנית של אטלנטיס, תצורת סלע מסתורית שקבורה עמוק מתחת לפני הים המבנים ביונאגוני (אי בשוליו הדרומיים של ים סין המזרחי) התגלו על ידי צוללן מקומי שחיפש כרישים בדרום איי ריוקיו היפנים בשנת 1986.
הצוללן זיהה מבנה סלעי מרשים מתחת למים לאורך חופו הדרומי של האי - מדרגות אבן בעלות פנים שטוחות ופינות חדות, מגולפות כמעט בצורה מושלמת עם קצוות ישרים - והכל בעומק של 25 מטרים מתחת לפני המים. המבנה הוא מלבני ודומה לפירמידה, ולפי חלק מההערכות הוא ככל הנראה בן יותר מ-10,000 שנים, אך מקורותיו אינם ידועים.
למרות שמרבית הגיאולוגים משוכנעים שהמבנה נוצר בצורה טבעית יש לא מעט אנשים המאמינים שאלו הם שרידי ציוויליזציה פסיפית שאבדה זה מכבר, אולי נבנתה על ידי הג'ומונים הפרהיסטוריים שחיו באזור יפן באזור שנת 12,000 לפני הספירה - ולכן רבים מתייחסים אל המבנה כאל אטלנטיס של יפן. למרוןת שאן לכך הוכחות ממשיות נטען כי בנוסף לקווים הישרים, על חלק מהאבנים יש סימנים של כתב חרטומים שמגולפים עליהם - מה שמעיד על כך שמדובר באבנים שנבנו על ידי בני אדם.
מאסאקי קימורה, גיאולוג ממכללה מקומית, צולל באזור הזה במשך כשני עשורים והוא משוכנע שמדובר בשאריות של עיר ששקעה מתחת לים. הוא גם הצביע על כך שמחנות קטנים נמצאו במקום יחד עם כלי אבן ואח לחימום. הוא אמר בכנס מדעי:""המבנה הגדול ביותר נראה כמו פירמידה מסובכת, מונוליטית, מדורגת המתנשאת מעומק של 25 מטר"
עם זאת, לא כולם משוכנעים כמוהו שזה מעשה בני אדם - וכמובן שכמה חוקרי קונספירציות מאמינים שמי שעומד מאחורי העיר התת-ימית הם חייזרים.
לעומת זאת, החוקר הגיאולוג ד"ר רוברט שוך מסביר שהפירמידה מיונאגוני היא תופעה טבעית וטען שאם העיר הייתה מעשה ידי אדם - היא נבנתה לפני עידן הקרח. בעוד שקימורה טוען שזיהה חורבות של טירה, כניסות מקושתות, חמישה מקדשים, אצטדיון גדול אחד לפחות ומעברים צרים, ד"ר שוך אומר ש"המדרגות" של הפירמידה הן פשוט תוצאה של שחיקה טבעית של סלע ע"י מים. הוא אמר: "אף חלק מהאנדרטה אינו בנוי מגושי סלע נפרדים שהוצבו במקום. על פניו, נראה שפעולה של גלים וגאות טבעית הן שאחראיות לשחיקה של אבני החול באופן שהשאיר מבנים דמויי מדרגות". עם זאת, הוא גם הוסיף: "ייתכן שהבחירה בין האם מדובר במשהו טבעי או ביצירה אנושית היא לא פשוט שאלה של או זה או זה אלה ששתי התשובות נכונות".