בחפירה ארכיאולוגית במערה טבעית במצוק ההעתקים באזור קומראן, נמצאו ממצאים רבים המעידים לראשונה כי במערה הוטמנו מגילות מימי בית שני, שככל הנראה נשדדו בשנות ה-50 של המאה הקודמת. ממצאים אלה מאששים כי מדובר במערה ה-12 בה הוטמנו מגילות, ולא 11 כפי שהיה נהוג לחשוב עד כה.
המערה נמצאה בראשית שנות ה-90 במהלך סקר ארכיאולוגי נרחב שנערך על ידי רשות העתיקות, שכונה "מבצע מגילה" ומטרתו הייתה לאתר מגילות נוספות במערות באזור קומראן במדבר יהודה. שוד המגילות במערות קומראן החל ב-1947, אז נמצאו המגילות הראשונות. רק מאוחר יותר, בראשית שנות ה-50 ובמרוץ חסר סיכוי נגד הבדואים, נערכו בקומראן וב-11 מערות בקרבת האתר סקרים וחפירות ארכיאולוגיות מסודרות על ידי רולאנד דה וו מבית הספר הצרפתי למקרא בירושלים וג'ראלד הארדינג, מנהל אגף העתיקות הירדני דאז. מאז ועד היום נמצאו שרידים בודדים של מגילות בחפירות ארכיאולוגיות מסודרות.
החפירה במערה נוהלה על ידי ד"ר אורן גוטפלד בסיוע אחיעד עובדיה מהאוניברסיטה העברית בירושלים, בסיועו של ד"ר רנדל פרייס וסטודנטים מאוניברסיטת ליברטי בוורג'יניה, ארה"ב, ובעזרתם של חנניה היזמי, קצין מטה ארכיאולוגיה במנהל האזרחי, רשות הטבע והגנים ורשות העתיקות.
החפירה הנוכחית במערה נערכה במהלך חודש ינואר 2017. מדובר במערה קטנה יחסית (כ-5X3.5 מ') שבקירה הדרומי נמצא פתח למנהרה צרה שאורכה הגיע בסיום החפירה לאורך של כ-14 מטר. הממצאים מפני השטח של המערה הינם מימי הבית השני והכילו שברי חרסים של קנקנים וקערות ששימשו כמכסים לקנקנים, אך בעיקר ממצאים אורגניים רבים שהשתמרו היטב בשל האקלים היבש באזור.
בין הממצאים האורגניים נמצאו עשרות רבות של גלעיני זיתים, גלעיני תמרים, אגוזים מסוגים שונים ובהם אגוזים שלמים שעדיין לא פוצחו, מספר חבלים דקים, קטעי מקלעות סלים ומספר אריגים מבד. בכל שטח המערה התגלה מצע העשוי מנצרים של דקלים וענפים דקים של שיחים ששימשו כמעין מחצלת את יושבי המערה בימי הבית השני. עם הסרת שכבת החיים מימי הבית השני התגלו ממצאים מהתקופות הכלכוליתית (אלף 5 לפנה"ס) והניאוליתית הקראמית והקדם קראמית (אלף 9-8 לפנה"ס), בעיקר חרסים וכלי צור בהם ראשי חצים, להבים שונים וחותם שלם עשוי מאבן קורניאול אדומה.
"בצדה המזרחי של המערה נראתה גומחה קטנה שסלע גדול מנע את החפירה בה. בתחילה הניחו החופרים כי הסלע נפל לשם במהלך התמוטטות, אולם עם שבירת הסלע ופינויו, התברר כי הונח במכוון על הקיר בכדי לחסום את הפתח. בחפירה מאחורי האבן התגלה קנקן חרס גדול מימי הבית השני שבור לשברים גדולים, אך שלם מבחינה ארכיאולוגית", נמסר מהחופרים.
מתוך שברי הקנקן התגלגלה פיסת עור המגולגלת כשלוש פעמים. הממצא היה מרעיש שכן לא נמצאו עדויות חדשות למגילות בתוך קנקנים מזה למעלה מ-60 שנה (וגם אז מרבית המגילות נמצאו מחוץ לקנקנים ולא בתוכם). פיסת העור המגולגלת נאספה בזהירות רבה והועברה למעבדת השימור במכון לארכיאולוגיה באוניברסיטה העברית. בתיאום עם רשות העתיקות הועברה המגילה מן המכון למעבדת שימור המגילות של רשות העתיקות בירושלים. מהבדיקה התברר כי המגילה נותרה ריקה ומדובר בפיסת עור מגולגלת שהייתה ככל הנראה בתהליך עיבוד לקראת כתיבה.
בנוסף, בחפירת המנהרה הצרה והחשוכה שבקיר המערה האחורי התגלו, בדומה לממצא במערה עצמה, כמויות גדולות של ממצאים אורגניים ושברי קנקנים ומכסי קנקנים עשויים מחרס. במרכז המנהרה, חבויים תחת מדף סלע שהקשה מאד על החפירה במקום, התגלו שלושה קנקנים גדולים שבורים לשברים גדולים ושברי מכסים ששימשו ללא כל ספק להטמנת מגילות. לצדם התגלו פיסות בד שככל הנראה עטפו את המגילות ורצועת עור ארוכה ששימשה אף לקשירת אחת המגילות. לצערנו הרב בגומחה ליד, נמצאו שני מקושים ששימשו את הבדואים לשוד המגילות מהקנקנים לפני 60 שנה.
ד"ר אורן גוטפלד, ארכיאולוג ומנהל החפירה מהאוניברסיטה העברית, "מדובר באחת התגליות הארכיאולוגיות המסעירות והחשובות ביותר ב60 השנים האחרונות במערות קומראן. ממצאים אלה מעידים למעלה מכל ספק, כי מדובר במערה ה-12 בה הוטמנו בימי בית שני מגילות שנשדדו לצערנו על ידי הבדואים בסוף שנות ה-40 וה-50. ממצאים חשובים ומרתקים אלה, ממחישים את הצורך בקידום המבצע לסקר שיטתי וחפירת חלק מהמערות במדבר יהודה".
לדברי ישראל חסון, מנהל רשות העתיקות, "הגילוי החשוב של מערת מגילות נוספת מעיד על כך שנותרה עבודה רבה במדבר וממצאים בעלי חשיבות אדירה עדיין מחכים להתגלות. אנו נמצאים במרוץ נגד הזמן מול שודדי העתיקות, אשר שודדים את נכסי המורשת העולמיים של כולנו לשם בצע כסף. על המדינה להתגייס ולהקצות את המשאבים הנדרשים כדי לצאת במבצע היסטורי, יחד עם הציבור, ולבצע חפירה שיטתית בכל מערות מדבר יהודה".
